现在在华南地区被批准商业化种植的转基因木瓜，并不在上述5大类里，所以可不进行标识
有专家认为，目前我国对转基因标识的管理主体不够明确。
农业转基因生物安全管理条例》第五十二条规定，违反农业转基因生物标识管理规定的，由县级以上人民政府农业行政主管部门依据职权进行处罚。而根据国家质量监督检验检疫总局颁布的《食品标识管理规定》，县级以上地方质量技术监督部门也有权对违反食品标识的行为进行处罚。
此外，有记者调查发现，相关法规未及时跟进也是消费者知情权无法得到有效保障的重要原因。
2002年出台的《农业转基因生物标识管理办法》对于转基因的标识政策规定，需要标识的生物目录为大豆、玉米、油菜、棉花以及番茄，被外界统称为“5大类17种”。然而，现在在华南地区被批准商业化种植的转基因木瓜，并不在上述5大类里，所以可不进行标识。
2007年12月1日，《转基因食品卫生管理办法》废止，代之以《新资源食品管理办法》。然而在这部已实施5年多的办法中，记者并未找到对转基因食品标注的详细要求，只在第二十一条中有一句表述：“新资源食品以及食品产品中含有新资源食品的，其产品标签应当符合国家有关规定。”
复旦大学生态与进化生物学系主任、国家生物安全委员会委员卢宝荣表示：一方面要保证公众的知情同意权，完善强制性转基因的标识制度，赋予公众自由选择的权利；另一方面，可以规范转基因技术活动，使各个领域转基因技术的开发和利用在严格监管范围内，并制订严格的惩罚制度。
